Từ Ấn Độ, Phật giáo được du nhập vào Việt Nam theo chân các thiền sư. Họ đi bằng đường thủy và đường bộ. Thế kỷ thứ III trước công nguyên đã có những nhà sư như Sona và Uttara sang Việt Nam, một số các thiền sư như Mâu Bác, Khương Tăng Hội, Chi Cương Lương, Ma Ha Kỳ Vực… đã có mặt tại Giao Châu vào đầu công nguyên. Đạo Phật được phát triển nhanh chóng qua việc xây dựng chùa, dịch kinh sách… Quyển sách An Ban Thủ ý cho thấy yếu tố Thiền đã có mặt sớm ở Giao Châu, do Khương Tăng Hội dịch. Một số thiền sư cũng đã đem thiền học truyền sang Trung Quốc. Tại Giao Châu, Phật giáo đã phát triển và được các thiền sư truyền bá sang Trung Quốc, làm cho hai trung tâm Phật giáo tại Trung Quốc là Lạc Dương và Bành Thành ngày một lớn mạnh.
Đến thế kỷ VI, dòng Thiền Tỳ Ni Đa Lưu Chi từ Trung Quốc lại được truyền sang nước ta bằng đường bộ. Tiếp theo là dòng thiền Vô Ngôn Thông, thế kỷ IX và dòng phái Thảo Đường đã có mặt vào thế kỷ thứ XI. Triều đại nhà Lý với các thiền sư nổi tiếng như Khuông Việt, Vạn Hạnh, Từ Đạo Hạnh… đã đưa Phật giáo lên ngôi vị quốc giáo. Mọi đường hướng hoạt động, đối nội cũng như đối ngoại, đều dựa vào tinh thần Phật giáo để trị quốc. Nhiều công trình mỹ thuật như kiến trúc chùa, tượng Phật A Di Đà chùa Phật Tích, An Nam Tứ đại Khí (chuông Quy Điền, Tháp Báo Thiên, Vạc Phổ Minh, tượng Phật chùa Quỳnh Lâm)… ở giai đoạn này là những tác phẩm có giá trị lịch sử, văn hóa.
Mãi đến thời nhà Trần, thế kỷ XIII, vua Trần Nhân tông đi tu trên núi Yên Tử (tỉnh Quảng Ninh), dung hợp ba phái Thiền Trung Quốc tạo thành Thiền phái Trúc Lâm Yên Tử, mang bản sắc văn hóa dân tộc. Thiền phái Trúc Lâm Yên Tử do ba người khai sáng là Vua Trần Nhân tông, gọi là Điều Ngự Giác Hoàng, Pháp Loa và Huyền Quang, nên được gọi là Trúc Lâm tam tổ. Từ đây, dòng thiền Việt Nam đầu tiên được hình thành, giáo hội Phật giáo Việt Nam đầu tiên đã có mặt.
Thế kỷ XV, triều đại nhà Lê đã mở ra một chính sách cai trị mới, trung ương tập quyền. Triều đại ấy đã sử dụng và phát triển Nho giáo, xem như là một công cụ hữu hiệu cho chính sách mới. Phật giáo mất dần vai trò “vàng son” của nó trong hai triều đại Lý – Trần.
Thời Nguyễn, đạo Phật đi dần vào suy thoái. Việc phân chia Đàng Trong với chúa Nguyễn cai trị và Đàng Ngoài do chúa Trịnh nắm quyền đã làm cho Phật giáo ngày càng mang tính địa phương rõ nét hơn. Đồng thời, giai đoạn này cũng tiếp nhận luồng Phật giáo từ Trung Quốc thâm nhập vào Đàng Trong trực tiếp. Ảnh hưởng ấy cho đến nay còn để lại ở miền Nam khá nhiều ngôi chùa do các thiền sư Trung Quốc đứng ra xây dựng và trụ trì.
Vào giữa thế kỷ XIX, khá nhiều ngôi chùa cổ lại bị tàn phá trong chiến tranh xâm lược của Pháp. Đàng Trong tiếp nhận một Phật giáo mang đậm yếu tố địa phương và khá rõ nét các yếu tố “văn hóa mới”, sản phẩm của quá trình sống cận cư nhiều dân tộc khác biệt và kề cận các nước Đông Nam Á về phía Tây Nam.
Đầu thế kỷ XX, Phật giáo bước vào một thời kỳ mới, đón nhận việc cải tổ sinh hoạt Phật giáo qua phong trào chấn hưng Phật giáo trên toàn quốc. Tính chất nhập thế, đưa tinh thần Phật giáo đi vào cuộc sống, cũng được thể hiện rõ hơn qua các phong trào tham gia kháng chiến chống Pháp của các tăng sĩ miền Nam. Đến năm 1931, tại Sài Gòn đã xuất hiện Nam Kỳ nghiên cứu Phật học hội, một Hội Phật giáo đầu tiên trong cả nước.
Công cuộc tham gia kháng chiến chống Mỹ (1954 – 1975) của tăng sĩ Phật giáo đã ghi lại dấu son trong dòng lịch sử Phật giáo Nam Bộ. Phật giáo cũng thể hiện vai trò của mình trong công cuộc đấu tranh chống đàn áp Phật giáo dưới chế độ Ngô Đình Diệm (1954 – 1963). Sau năm 1963 ở miền Nam, Phật giáo đã thành lập Giáo hội Phật giáo Việt Nam thống nhất vì đang còn chiến tranh xâm lược của Mỹ.
Sau năm 1975, hòa bình thống nhất cả nước, Phật giáo dần đi vào ổn định. Năm 1981, Giáo hội Phật giáo Việt Nam ra đời, là tổ chức duy nhất của Phật giáo Việt Nam, có Hiến chương và có hệ thống tổ chức từ trung ương đến địa phương.
Từ nay Phật giáo có điều kiện phát huy thế mạnh của mình trên nhiều lĩnh vực, đặc biệt là các hoạt động từ thiện xã hội, một hoạt động phù hợp với tinh thần “Từ, Bi, Hỉ, Xả”, “cứu khổ, ban vui” trong giáo lý Phật giáo.
