Giáo hội Lục Hòa tăng Việt Nam ra đời vào năm 1952 do Hòa thượng Thiện Tòng chùa Trường Thạnh (quận 1) làm tăng trưởng. Đây là sự tiếp nối của tổ chức Lục Hòa liên xã (1920). Tại Nam Bộ, tăng sĩ yêu nước có hoài vọng tập họp “chư sơn thiền đức”, mục đích của giáo hội nhằm tập họp tăng sĩ vào một tổ chức để duy trì nền tảng Phật giáo cổ truyền, sống theo 6 phép Lục Hòa của tinh thần Phật giáo. Điều 2 của Điều lệ Giáo hội Lục Hòa tăng Việt Nam cho biết nguyên nhân thành lập giáo hội nhằm “duy trì nền tảng cổ truyền và thực hiện nền giáo dục Phật lý để dìu dắt nhân sinh sống theo 6 phép Lục Hòa mà nghìn xưa đức Phật đã dạy”. Mặt khác, còn một mục đích quan trọng hơn, chính là do tình hình giặc Pháp lúc bấy giờ khủng bố mạnh, một số tăng sĩ về phụ trách Phật giáo Cứu quốc trong Mặt trận Liên Việt các tỉnh, nên lập giáo hội Lục Hòa tăng chính là nhằm để giữ vững tổ chức và người, nhằm đối phó với âm mưu lợi dụng tôn giáo của Pháp. Hòa thượng Bửu Ý, vị tăng sĩ tham gia trong phong trào kháng chiến chống Pháp, cho biết “Sở dĩ giáo hội ra đời là vì năm 1949 Ban chấp hành Phật giáo Cứu quốc Nam Bộ do Hòa thượng Thích Minh Nguyệt làm hội trưởng xét thấy tình hình khó khăn do giặc Pháp khủng bố, lúc bấy giờ tôi là Ủy viên phụ trách Phật giáo Cứu quốc Sài Gòn – Gia Định, bấy giờ quý cụ như Hòa thượng ở chùa Trường Thạnh, Phật Ấn, Long An, Long Quang, Giác Viên… âu lo, âm thầm lặng lẽ hoạt động cốt yếu là giữ tổ chức, và người…”
Đến năm 1957, giáo hội mới chính thức được chính quyền chấp thuận và có điều lệ. Văn phòng giáo hội đặt tại chùa Trường Thạnh. Giáo hội cũng có một trường học mang tên Phật học đường Lục Hòa, được xây dựng cạnh chùa Giác Viên (quận 11) do thượng tọa Huệ Chí làm giám đốc và một tạp chí lấy tên là Phật học tạp chí, tòa soạn đặt tại chùa Phật Ấn (quận 1) do Hòa thượng Thành Đạo làm chủ nhiệm và thượng tọa Huệ Chí làm chủ bút.
Bên cạnh tổ chức giáo hội dành cho tăng sĩ, Hội cũng thành lập thêm một tổ chức của cư sĩ Phật tử, đó là hội Lục Hòa Phật tử vào năm 1954, trụ sở đặt tại chùa Long Vân (Gia Định). Mục đích chính của Hội nhằm chăm lo tốt đời sống các Phật tử có tuổi, giúp đỡ họ được chu tất khi qua đời. Hội cũng có một nghĩa trang tại Gò Dưa (Thủ Đức).
Năm 1963, sau cuộc đấu tranh của tăng ni, Phật tử và nhân dân lật đổ chế độ độc tài Ngô Đình Diệm, Hòa thượng Huệ Thành, chùa Long Thiền (Đồng Nai) đã đứng ra hợp nhất hai tổ chức này lại thành Giáo hội Phật giáo Cổ truyền Việt Nam. Văn phòng giáo hội đặt tại chùa Giác Lâm (quận Tân Bình).
