Từ miền Bắc, Phật giáo lan tỏa dần theo chân các thiền sư để đi vào miền Trung và Nam Bộ. Người có công lao lớn trong việc đưa Phật giáo vào Đàng Trong, thế kỷ XVII là Thiền sư Nguyên Thiều. Năm 1698, sau khi Nguyễn Hữu Cảnh đã thiết lập được cơ cấu hành chính tại Gia Định, Phật giáo đã lan tỏa sang nhiều vùng khác ở Nam Bộ, do công lao của các đệ tử của Thiền sư Nguyên Thiều. Hai ngôi chùa có mặt sớm ở Gia Định là chùa Từ Ân và chùa Khải Tường. Những người có công hoằng dương Phật pháp ở Gia Định được sử sách ghi lại có các Thiền sư Thành Đẳng, Phật Ý, Tổ Tông, Tổ Ấn…
Buổi đầu, Phật giáo hiện diện qua các am tranh, bàn thờ chỉ có một mảnh giấy ghi chữ Phật bằng chữ Hán. Đạo Phật, qua nhu cầu buổi đầu của những cư dân ở Gia Định là một đạo Phật đáp ứng được hai yếu tố: giúp người dân cầu an khi đau yếu và cầu siêu khi có người thân qua đời.
Trong quá trình phát triển, đạo Phật lan tỏa sang các tỉnh ở đồng bằng sông Cửu Long qua trung tâm Phật học tại chùa Giác Lâm, góp phần đào tạo tăng tài, đưa về trụ trì tại nhiều chùa ở Nam Bộ. Trung tâm đào tạo các ứng phú sư, gọi nôm na là đào tạo thầy cúng đám được mở ra tại chùa Giác Viên (nay thuộc quận 11).
Nhiều dòng phái từ miền Trung đã đi vào Gia Định như dòng Tổ Đạo, dòng Đạo Bổn Nguyên, dòng Trí Huệ, dòng Chúc Thánh, dòng Liễu Quán… thuộc phái Lâm Tế và dòng Vĩnh Xương cổ phái thuộc phái Tào Động, trong cộng đồng người Hoa. Một số ngôi chùa của người Trung Hoa trụ trì có ở Đồng Nai, truyền xuống Gia Định nhưng sau một thời gian, số tu sĩ ít ỏi đã dần chuyển thành ngôi chùa của người Việt. Một số chùa của người Hoa sau này được xây dựng như Phụng Sơn tự (quận 11),Bồ Đề Lang nhã (quận 5), Nam Phổ Đà, Diệu Pháp (quận 6), Từ Ân (quận 11)…
Thiền sư Nguyên Thiều
Năm 1931, tại chùa Linh Sơn (quận 1) Nam Kỳ nghiên cứu Phật học hội được thành lập, là Hội Phật giáo đầu tiên trong cả nước, mục đích nhằm vào việc chấn hưng Phật giáo trên ba phương diện: chỉnh đốn tăng già, kiến lập Phật học đường, dịch kinh sách Hán ra Việt ngữ và lưu giữ trong Pháp Bảo phương (thư viện).
Năm 1938, nhà sư Hộ Tông đã mang Phật giáo Nam tông từ Campuchia về truyền đạo tại Việt Nam.
Năm 1944, nhà sư Minh Đăng Quang thành lập hệ phái Khất sĩ tại Sài Gòn. Tịnh xá Trung Tâm (quận Gò Vấp) là ngôi tịnh xá đầu tiên ở Sài Gòn thuộc hệ phái, dành cho tăng sĩ và tịnh xá Ngọc Phương do ni sư Huỳnh Liên trụ trì dành cho ni giới.
Năm 1963, phong trào đấu tranh của Phật giáo chống áp bức của chế độ độc tài Ngô Đình Diệm, từ Huế lan nhanh vào Sài Gòn. Tăng ni Phật giáo Sài Gòn đã biểu tình, tự thiêu. Nổi bật là cuộc tự thiêu của Hòa thượng Thích Quảng Đức, còn lại trái tim bất diệt không cháy.
Năm 1964, Phật giáo tổ chức đại hội tại chùa Xá Lợi, thống nhất Phật giáo các giáo phái, lập Giáo hội Phật giáo Việt Nam thống nhất. Từ đây, Phật giáo hoạt động theo điều lệ và Hiến chương.
Đến năm 1966, trong hàng ngũ Phật giáo ở Sài Gòn đã chia thành hai khối: Ấn Quang và Việt Nam Quốc tự. Khối Việt Nam Quốc tự lập Nha Tuyên ủy Phật giáo, mục đích xây dựng chùa cho các sĩ quan, binh sĩ có đạo thực hành nghi lễ, tạo điều kiện cho những người này hoạt động chống Cộng trong những ngôi chùa thuộc khối Việt Nam Quốc tự, được nhanh chóng thành lập ở những “vùng xôi đậu”.
Sau ngày giải phóng đất nước, Phật giáo Việt Nam tổ chức đại hội tại chùa Quán Sứ, thành lập Giáo hội Phật giáo Việt Nam vào năm 1981. Từ đây, tổ chức giáo hội này là tổ chức duy nhất đại diện cho tiếng nói của tu sĩ Phật tử Việt Nam trong cả nước. Văn phòng của Phật giáo Thành phố Hồ Chí Minh đặt tại chùa Xá Lợi, sau đó chuyển sang thiền viện Quảng Đức (quận 3).
